BSE - Der nackte Wahnsinn

Multimedia

Das Arbeiten mit Mulimediaapplikationen beschränkt sich nicht nur auf das Betrachten von vorgefertigten Bildern, sondern ist gekennzeichnet durch die Interaktion mit dem Objekt d.h. Drehen, Vergrössern, Detailbetrachtung und Informationsverarbeitung.

Für den Unterricht eignen sich 2 Programme:

RasMol
der Klassiker unter den Programme (Download). Die RasMol Home Page ist eine wahre Fundgrube, Installation wie auch Datentransfer sind einfach zu bewerkstelligen.

Das Programm ist so gedacht, dass man sich alle benötigten Daten auf die Festplatte überspielt und dann lokal arbeitet. Beim Starten des Programms wird eine schwarze Fläche präsentiert. Durch "File" "open" im Menue kann man Bilder einladen. Mit den Menuepunkten "Display", "Coloures" und "Options" lässt sich trefflich rumspielen. Für eine Darstellung gefällt mir oft Display: Ribbons und Colours: Group, schön bunt. Man sollte sich auch das Manual anschauen, besonders die Cursorbewegungen sind interessant: zum Zoomen übrigens, Shift Taste halten und die Maus von oben nach unten ziehen. Durch die Mausbewegung lässt sich das Molekül frei drehen. Als Grundlage werden Strukturdaten verwendet, mit der Dateibezeichnung "*.pdb". Diese Daten bekommt man über die RasMol Homepage oder auch direkt bei der Brookhaven Protein Data Bank. Ueber den 3DB-Browser kommt man zu einem Suchfeld, das alle Möglichkeiten bietet.

Chime
ein RasMol Plug-in für Internetbrowser.  Chime ist wie RasMol, läuft aber im Hintergrund des Internetbrowsers. Bei RasMol kann man sich nur die Strukturen ansehen, Chime bietet da noch die Möglichkeit der Vermischung mit Text, was bei der Durchführung eigenständiger Tutorien von unschätzbarem Wert ist.
Ein hübsches Bild zur Einleitung ist eine DNA-Struktur oder ein ganzes Tutorium (5-10 Minuten) zu Proteinsekundärstrukturen. Dieses Tutorium ist besonders empfehlenswert, da es unter anderem auch einen hydrophoben Kern und eine hydrophile Hülle eines Proteins zeigt. (Unbedingt mal reinschauen!) Drücken Sie dort mal auf die kleinen Kästchen mit AT oder GC, sehr beeindruckend. In Chime lässt sich übrigens durch Drücken der rechten Maustaste die Darstellung verändern. Auch hier muss nicht ständig am Netz gearbeitet werden, die Daten können auch auf der lokalen Festplatte gespeichert und aus dem Internetbrowser mit Open File geöffnet werden. So ist man unabhängig von Datentransferschwierigkeiten.

Ueber die Seite Molecules in the Classroomkann man in einem Meer von Strukturvisualisierungen verstrudeln. Auch die BioMolecular Structure Education Web Sites bieten ein gutes Absprungbrett zum weiteren Forschen, oder soll es eine Library of 3-D Molecular Structures sein?