Carboanhydrase

Docking

Dorzolamid bei 1YDB docken

Liganden und Enzym kann man auf zwei verschiedene Arten drehen und gegeneinander verschieben:

• Mit der Maus: Wenn man im Register Teilchen unter Manipulieren die Option Molekül bewegen wählt, kann man anschliessend das zu bewegende Molekül mit einem Linksklick anwählen und dann mit alt+shift+Linksdrag verschieben und mit alt+Linksdrag drehen. Wenn die gelben Halos stören, kann man sie im Register Layout ausschalten.
• Alternativ kann mit den nachstehenden Knöpfen eine Tastensteuerung aktiviert werden. Sie muss danach wieder deaktiviert werden, damit die Tasten wieder normal verwendet werden können.

Tipp: Das Docking geht mit Hilfe einer Stereobrille sehr viel einfacher. Den Stereo-Modus kann man im Register Layout ein- und ausschalten.

Carboanhydrase 1YDB und Ligand ETS laden

1YDB stellt eine Carboanhydrase dar, die den Inhibitor Acetazolamid (AZM) bindet. Zudem werden Sulfamethoxazol (SMX) und Dorzolamid (ETS) geladen.

Tasten-Steuerung einschaltenbeenden

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Protonen positionieren:
an THR 199
an Hydrogencarbonat

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Buttons zum Bearbeiten:
Aminosäuren und Liganden anzeigen

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Vergleich zweier Strukturen

1BIC: Carboanhydrase mit gebundenem Hydrogencarbonat. Damit das Enzym in dieser Form stabil ist, wurde die Aminosäure Threonin 200 in Histidine mutiert, was zu einer stärkeren Bindung mit Hydrogencarbonat führt.

1YDB: Menschliche Carboanhydrase mit gebundenem Inhibitor AZM.

Vergleich von

Dateien

Carboanhydrase 1BIC
Carboanhydrase 1CIL
Carboanhydrase 1YDB
Carboanhydrase 4M2U
Acetazolamid (AZM)
H6C4N4O3S2
Sulfamethoxazol (08D, SMX)
H11C10N3O3S
Dorzolamid (ETS)
H16C10N2O4S3

Mechanismus animiert

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